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北京医药行业协会于2001年4月25日正式成立。北京医药行业协会是以北京地区医药、医疗器械、工商企业、科研、大专院校相关企业为会员，

依照国家有关法律法规自愿组成的自律性、非营利性的社会团体。到目前为止，已有会员二百余家，覆盖了北京医药行业主要的大中型工商企业。

协会由北京市工业促进局管理，挂靠北京市药品监督管理局。