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 吕梁市食品药品监督管理局组建于2002年2月，初名吕梁地区药品监督管理局，属省以下垂直管理，2004年12月更名为吕梁市食品药品监督管理局。2009年7月划归地方管理。全局共有行政编制40名，事业编制 7名。局领导班子由6名成员组成，其中，局长1名，副局长3名，食品总检验师1名、药品总检验师1名。内设办公室（政策法规科）、人事财务科、食品生产监管科、食品流通监管科、餐饮监管科、药品市场监管科、药品生产监管科、稽查科（应急管理科）、医疗器械监管科、保健食品化妆品监管科、行政审批科、等11个科室和吕梁市食品药品检验所、教育培训中心、食品药品执法大队、药品不良反应监测中心4个事业单位。