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海地方病预防控制所始建于1955年1月，初称青海省鼠疫防治站，1959年改称青海省鼠疫防治所，1962年改称青海省地方病防治所，1980年11月改称青海省地方病防治研究所，2000年3月起启用现名。建所初期，是以鼠疫为单一病种的防治科研机构，1982年5月，为便于统一归口管理，将青海省卫生防疫站下设的布病科和碘缺乏病科及青海省高原心脏病研究所下设的包虫病科移交我所,逐步组建了以鼠疫、碘缺乏病、地方性氟中毒、大骨节病、布病、寄生虫病和地方性砷中毒等多病种为对象的省级地方病防治机构。