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梅州市食品药品监督管理局于2001年6月组建成立，原实行省以下垂直管理，2010年1月改为地方管理，为市人民政府工作部门，2011年8月，增加餐饮食品安全监管职能。2013年12月，增加食品生产监管、食品流通监管、食品综合协调三大职能，并在2014年2月28日完成职能交接。是《食品安全法》、《药品管理法》及《医疗器械监督管理条例》的执法主体，承担着对梅州市辖区内的食品、药品、医疗器械、保健食品、化妆品等的生产、经营和使用全过程的监督管理职能，同时承担市食品安全委员会日常工作。

市食品药品监督管理局市局内设12个科室，分别为：办公室（党办）、计划财务科、政策法规科（行政审批科）、综合协调科（应急管理科）、食品生产监管科、食品流通监管科、餐饮监管科、药品生产监管科、药品流通监管科、医疗器械监管科、保健食品化妆品监管科、稽查局；另设食品安全总监和药品安全总监各一名；下属单位有市食品药品监督检验所（市食品药品检验检测中心），属参公事业单位。