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宝鸡市药品监督管理局于2001年7月26日正式挂牌成立，2006年4月经省编办、省食品药品监督管理局批准，在宝鸡市药品监督管理局的基础上组建宝鸡市食品药品监督管理局，为陕西省食品药品监督管理局直属机构，实行省以下垂直领导管理体制。2009年3月，按照省编办、省人事厅关于食品药品监管机构职能调整的要求, 宝鸡市食品药品监督管理局和12个县区食品药品监督管理局已下划地方政府管理，为市、县政府工作机构。2013年12月，根据省政府《关于改革完善市县镇食品药品监督管理体制的意见》（陕政发〔2013〕40号）和市政府《关于改革完善市县镇食品药品监督管理体制的实施意见》（宝政发〔2013〕34号），将市卫生局贯彻执行药品法典的职责；市质量技术监督局化妆品生产监管、强制检验、医疗器械强制性认证和涉及生产加工环节食品安全监管、检测的职责；市工商行政管理局承担的监督管理流通环节食品安全职责，划入市食品药品监督管理局。增加执业药师注册管理职责。市食品药品监督管理局为市政府工作部门。目前，市食品药品监督管理局共有行政编制44人，内设12个职能科室，分别为：办公室、人事教育科、监察室、食品安全协调应急科（市食品药品投诉举报中心）、肉制品和工业加工食品监管科、乳制品和饮品监管科、食品添加剂和调味品监管科、餐饮服务监管科、食用农产品流通监管科、药品化妆品生产监管科、药品化妆品市场监管科、医疗器械监管科；派出机构为宝鸡市食品药品监督管理局高新分局，直属机构为宝鸡市食品药品稽查支队、宝鸡市食品药品检验检测中心、宝鸡市药品安全监测与评价中心。